Endoszkópiával kapcsolatos fertőzések A nem megfelelően előkészített endoszkópos eszközökkel mikroorganizmusok terjedhetnek betegről betegre, továbbá a betegről a vizsgáló személyekre. A bakteriális fertőzések átvihetők endoszkópia során, így például leggyakrabban Salmonella- vagy Pseudomonas-fertőzés. Vírusbetegségek, mint a hepatitis B és C szintén terjedhetnek endoszkópia során. Az immundeficienciában vagy súlyos neutropeniában szenvedő, az immunszuppresszív kezelésben vagy kemoterápiában részesülő, illetve a műbillentyűvel élő betegek fokozott fertőződési kockázatnak vannak kitéve. Az endoszkópos retrográd kolangiográfia és minden terápiás endoszkópos eljárás növeli a fertőződés veszélyét. A tünetmentes fertőzésben (hepatitis, HIV, tuberculosis, Helicobacter pylori) szenvedő betegek nincsenek tudatában fertőzöttségüknek, ezért minden beteget potenciálisan fertőzőnek kell tekinteni. Újabb ismeretek alapján prionok okozta betegségek, például a Creutzfeldt–Jakob-betegség szintén kockázatot jelent, és bizonyított, hogy emberről emberre is átvihető. A prionokat igen nehéz kimutatni és eradikálni. Jelenleg kidolgozás alatt állnak azok a kémiai és hőkezelésen alapuló módszerek, amelyek segítségével lehetővé válik a prionok okozta kórképek átvitelének kivédése. Az endoszkópiát végző személyzet veszélyeztetettsége A különböző kórokozók a betegről az endoszkópiát végző személyzetre átvihetők. Ezért szükséges az endoszkópos készülékről és tartozékaikról eredő fertőződéssel szembeni védelem biztosítása. Gumikesztyű, védőmaszk és védőszemüveg segítségével megelőzhető a vizsgáló személyzet vérrel és testnedvekkel történő kontaminációja. A mérgezések és az allergiás reakciók elkerülése végett szükséges, hogy a személyzet a fertőtlenítéshez használt vegyszerektől is védve legyen. A tisztítás és dezinfekció optimálisan külön szellőzési rendszerrel rendelkező külön helyiségben történik, a fertőtlenítőszereket zárt helyen kell tárolni. Tanácsos az endoszkópiát végző személyzet hepatitis B vírus elleni oltása.