Tesztpanel az új koronavírus variánsok azonosítására

A klinikai diagnosztikai eszközök fejlesztésére és gyártására specializálódott Novacyt egy új termékcsaládot dobott piacra SNPsig (ejtsd: sznip-szig) néven, melynek egyik tagja a hamarosan kereskedelmi forgalomban is elérhető, az új koronavírus variánsok azonosítására alkalmas VariPLEX tesztpanel lesz.

A tavalyi év végén a SARS-CoV-2 vírus több újonnan megjelent variánsát azonosították. Ezek közül a három legfontosabb az Egyesült Királyságban észlelt mutáns (20I/501Y.V1 vagy B.1.1.7), a Dél-Afrikában kimutatott változat (20H/501Y.V2 vagy B.1.351) és a Brazíliában feltűnt forma (20J/501Y.V3 vagy B.1.1.28). Az új vírusmutánsokat arról az országról nevezték el, ahol először kimutatták őket, de igen gyorsan terjednek: az Egyesült Államok 32 államában, Európa számos országában, Japánban, Afrikában és Latin-Amerikában is észlelték őket. Könnyebb terjedésük és az egyelőre még gyéren rendelkezésre álló (és igen eltérő) mortalitási adataik miatt minden bizonnyal komoly hatásuk lesz a betegek ellátásra, a vakcinák koronavírus elleni hatásosságára, a járvány kontroll alatt tartására és a nemzeti járványügyi stratégiák alkalmazására, esetleges újragondolására. A variánsok nyomon követése befolyásolhatja az oltási programok sikerességét, hatékonyságát is, különösen mivel a legfrissebb eredmények szerint az egyes változatokkal szemben a jelenleg rendelkezésre álló oltóanyagok hatásossága nagy szórást mutat (természetesen azokban az esetekben amikor az adott oltóanyag esetében rendelkezünk ilyen adatokkal).

A SNPsig termékcsalád legfontosabb jellemzői közé tartozik, hogy a helyszínen, pár óra alatt elvégezhető vizsgálat ad eredményt a e vírusmutánsok esetleges jelenlétéről. A jelenlegi gyakorlatban az új generációs szekvenálási módszerek alkalmazását a korlátozott kapacitás, valamint a minták kórházba szállításának szükségessége és költsége limitálja, továbbá az eredmény sem órák, hanem inkább napok alatt készül el. A SNPsig tesztek központi laboratóriumi rendszereken és a Novacyt q16 és q32 gyors PCR készülékein használható, egyelőre kizárólag kutatási célú felhasználásra engedélyezettek. A klinikai diagnosztikai eszközként való alkalmazását a vállalat a következő hónapban tervezi engedélyeztetni, ez várhatóan nagyon gyors eljárás lesz a teszt fontossága miatt.

A Novacyt bioinformatikusokból álló csoportja több globális járványügyi, virológiai intézettel működött együtt a mutációk azonosítása érdekében, és határozta meg az egyes variánsokra jellemző SNP-eket (ejtsd: sznip, Single Nucleotide Polymorphism). Ezekből a vizsgálatokból született meg az SNPsig termékportfolió, a variánsok észlelésére alkalmas egyik legelső kereskedelmi forgalomba kerülő tesztkészlet. A mai nappal piacra dobott három SNPsig teszt az angol, a dél-afrikai és a brazil, valamint bármely N501Y mutációt hordozó koronavírus variáns kimutatására alkalmas.

A SNP egypontos nukleotid-polimorfizmust jelent, másként egyedi nukleotid-polimorfizmusnak, esetleg egyszerű nukleotid-polimorfizmusnak is nevezik. Olyan DNS szekvencia-variáció, mely akkor jön létre, ha a genomban egy nukleotid megváltozik (például ha az AAGCCTA szekvencia AAGCTTA szakaszra módosult), de csak akkor nevezik a variációt SNP-nek, ha a populáció legalább 1%-ában megjelenik.

A Novacyt hamarosan szintén forgalomba kerülő VariPLEX tesztpanelje a fenti három variáns és további két, a WHO által azonosított két kulcsfontosságú mutáció azonosítására lesz használható egyetlen panelen, tehát nem kell külön eszköz az egyes mutációk kimutatásához. A vállalat bioinformatikai részlege tovább folytatja együttműködését a járványügyi laborokkal, és amint új variáns tűnik fel, a lehető leghamarabb megkezdik az új tesztek kidolgozását, amelyek szintén a SNPsig termékportfolió részét képezik majd.

Az első három SNPsig tesztet egy tudományos a közegészségügyi intézetekből, intézményekből álló nemzetközi konzorcium máris elkezdte használni illetve terjeszteni az Európai Unió, az Egyesült Királyság, az USA és Latin-Amerika területén a járvány nyomon követésére. 

Írásunk az alábbi közlemények alapján készült:

Novacyt launches new assays to help diagnose new COVID-19 variants